重慶醫科大學附屬兒童醫院于1956年由上海醫學院兒科系遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院，國家兒童區域醫療中心（西南）、國家一流本科建設單位、國家兒童健康與疾病臨床醫學研究中心。
醫院是最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授予點、博士后流動站，是首批兒科學國家重點學科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示范基地、國家級繼續醫學教育基地、國家級教學團隊、國家精品課程、國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構、全國兒科唯一的住院醫師規范化培訓示范基地；國家級兒童早期發展示范基地、兒科唯一獲得肝移植資質的兒童醫院、國家干細胞臨床研究備案機構；擁有5個重慶市重點實驗室和3個工程中心。在全國最佳醫院排行榜中連續多年位居全國兒童醫院第三位。全國文明單位。
醫院是國家兒童區域醫療中心，承擔著重慶市及部分西部地區兒童急危重癥、疑難病癥的診療和專科醫療服務，并承擔人才培養、醫學科研及相應公共衛生和突發事件緊急醫療救援任務。現有渝中院區和兩江院區兩個院區，編制床位2480張，開放床位2200余張。2021年門急診量366.82萬人次，住院量10.22萬人次，外埠病人比例近40%。兒童重癥醫學、小兒呼吸科、新生兒科、小兒外科、兒科臨床護理獲國家臨床重點專科建設項目。
兒科學是我國最早成立的四大兒科系之一。兒科學院是我國規模最大的兒科醫師培養基地和全國住培示范基地，2019年首批獲批國家一流本科專業建設點。現有博士研究生導師46名、碩士研究生導師270余名（含兼職導師），高級職稱專家340余名。
歷代兒院人始終秉承“嚴謹、求實、創新、奉獻”的院訓，以“一切為了兒童健康”為理念，以“科技和關愛”推動兒科事業的發展。立足西部、面向全國、走向世界，將充分發揮國家兒童區域醫療中心、國家一流本科建設點和國家住院醫師規范化培訓示范基地、國家臨床醫學研究中心和國家級國際科技合作示范基地的引領作用，以領先的醫療、教學、科研和管理水平推動中國兒童健康事業向前發展。
